Jona se formó en La Masía, cantera del equipo blaugrana, y ahí fue ascendiendo hasta que realizó su primera pretemporada con el primer equipo en 2009 y fue justo Guardiola quien lo llamó.
El propio Pep le brindó la oportunidad de debutar como futbolista profesional al centrocampista azteca que se estrenó un 15 de agosto del 2009 ante Athletic Club en duelo de la Supercopa de España.
A pesar de que Jonathan nunca se convirtió en un eje angular del esquema del director técnico español, formó parte de la plantilla desde la temporada 2009/2010 hasta la 2013/14.
Es decir, fueron cinco temporadas donde el equipo culé logró una gran cantidad de títulos, de tal modo que se convirtió en el rival a vencer no solo en España sino en todo el mundo.
Durante la etapa de Jonathan dos Santos con Barcelona bajo la tutela de Guardiola, el mexicano gozó de ocho campeonatos divididos de la siguiente manera:
Año 2010: Liga Española y Supercopa de España
Año 2011: Liga Española, Supercopa de España, Champions League, Supercopa de Europa y Mundial de Clubes
Año 2012: Copa del Rey
Año 2013: Liga Española y Supercopa de España
Ahora se reencontrarán dos viejos conocidos con distintos clubes pero, seguramente, el futbolista mexicano querrá saludar con mucho afecto al entrenador que le brindó la posibilidad de cristalizar su sueño en uno de los mejores equipos del mundo, más allá de haber alcanzado muchos éxitos deportivos.
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