Fue hasta el Verano 1999 cuando los Rojinegros disputaron su primera Final y en aquella ocasión el Toluca se impuso por 5-4 en la tanda de penales tras igualar 5-5 en el marcador global.
El equipo que comandaba Ricardo La Volpe y que tenía en su pantilla a jugadores como Rafael Márquez, Miguel Zepeda y Daniel Osorno, por mencionar a algunos, igualó 3-3 en la ida celebrada en el Estadio Jalisco.
Por los tapatíos marcaron César Andrade,Hugo Castillo y Márquez, mientras que por los Diablos Rojos lo hicieron Carlos Morales, quien se despachó un doblete y José Saturnino Cardozo.
En la vuelta efectuada en el Nemesio Diez, volvieron a empatar, esta vez 2-2. Cardozo y Alberto Macías anotaron por los choriceros, mientras que Castillo y Zepeda volvieron a marcar por los Zorros.
Sin embargo, en la tanda de penales fallaron Osorno y Julio Estrada por Atlas, mientras que por el Toluca sólo Fabián Estay erró su cobro y el equipo escarlata se alzó con el título.
Los Rojinegros consiguieron su primer título en la campaña 1950-51, 70 años antes del segundo, pero lo hicieron a través del sistema de puntos al terminar en la primera posición de la clasificación.
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En ese mismo sistema de competencia, los tapatíos fueron subcampeones del futbol mexicano en dos ocasiones, al culminar en le segunda posición de la tabla en las temporadas 1948-49 y 1965-66.
Finales de Liga MX que ha disputado Atlas en su historia
TORNEO / RESULTADO Verano1999 / Toluca 5-5 (5-4 penales) Atlas Apertura 2021 / Atlas 3-3 (4-3, penales) León Clausura 2022 / Pachuca vs Atlas* *Por disputarse - En negritas el equipo que fue campeón
Campeonatos y subcampeonatos de Atlas por el sistema de puntos
