Fernando Hernández saltó a la palestra futbolística mexicana el 8 de marzo. Justo cuando pitó el final del juego de los octavos de final de la Copa MX entre Xolos y América en el Estadio Caliente, Pablo Aguilar se acercó a él amenazante y le dio un cabezazo.
Fernando Hernández, el árbitro del cabezazo, reapareció en el Cruz Azul-Tigres
El silbante con el que Pablo Aguilar tuvo el incidente que le dejó un año de castigo, pitó su séptimo juego del Clausura 2017.
Luego la historia se hizo enorme gracias a la Comisión Disciplinaria de la FMF que por la agresión decidió darle apenas 10 juegos de castigo al jugador y entonces los de negro pararon la Liga MX una jornada. Aquello terminó, finalmente, en un año de suspención para el futbolista paraguayo de las Águilas.
Pero contrario a lo ocurrido a Aguilar, Hernández reapareció de inmediato en la Liga MX. No vio acción a mitad de la semana en los juegos de los cuartos de final de la Copa MX, pero sí en la jornada 11. Lo hizo en el duelo entre el Cruz Azul y Tigres en el Estadio Azul.
Es uno de los colegiados constantes en el campeonato y pitó su séptimo encuentro del torneo y únicamente ha estado ausente en las fechas cuatro y seis, porque en la dos fungió como cuarto árbitro.