El defensor mexicano comenzó su carrera en las fuerzas básicas de los Tuzos, pero su debut profesional se dio con el equipo de los Indios de Ciudad Juárez en la Liga de Ascenso en el 2005 y un año después se presentó en el máximo circuito con el cuadro hidalguense.
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Con Pachuca, el defensor logró dos títulos de liga, Clausura 2006 y Clausura 2007, además de tres torneos de Concacaf en 2007, 2008 y 2010, y también fue parte del título histórico de los Tuzos en la Copa Sudamericana del 2006.
Tras su brillante paso por el Pachuca, Paul Aguilar llegó al Club América como refuerzo para el Apertura 2011.
Y con las Águilas se afianzó de la titularidad y consiguió tres títulos de liga; Clausura 2013, Apertura 2014 y Apertura 2018, así como el Campeón de Campeones del 2019 y la Copa MX del 2019.
Paul Aguilar también fue Bicampeón de Concacaf con el América al ganar las ediciones del 2015 y 2016.
Y ese gran palmarés en su carrera lo convirtieron en ídolo tanto de Pachuca como del América.
