El quarterback veterano se alineará junto a los 53 hombres del equipo, pero el entrenador, Chip Kelly, anunció que Blaine Gabbertserá el titular ante los Rams en la Semana 1. Kaepernick será el quarterback No. 2 por delante de Christian Ponder.
Es un poco sorpresivo, Kaepernick jugó relativamente bien en una serie ofensiva de touchdown y mostró mejora en su brazo. Sin embargo, Gabbert, pasó casi toda la pretemporada baja corriendo el ataque de Kelly mientras ‘Kaep’ se curaba de algunas lesiones.
El escaso trabajo de Kaepernick en el campo se vio eclipsado por su controvertida decisión de sentarse mientras se entonaba el himno nacional de los EEUU.